1、劳务派遣公司涉及的个人所得税问题（纳税义务人、扣缴义务人）
被派遣劳动者的工资薪酬：
一方支付：实际支付给被派遣劳动者劳动报酬的单位或个人为个人所得税扣缴义务人。
两方支付：被派遣劳动者在派遣单位和用工单位两方取得了工资薪酬收入的，实际支付的单位或个人为扣缴义务人。之后纳税人还要自行申报。
补充：个人所得税法实施条例：工资薪金所得是指个人因供职或者受雇而取得的工资、薪金、奖金、年终加薪、劳动分红、津贴、补贴以及与供职或者受雇有关的其他所得。
劳务派遣单位跨地区派遣劳动者（常见于一些施工企业、影视制作、公关活动类）：
劳务派遣单位在用工单位所在地设立分支机构的，以分支机构为扣缴义务人；
劳务派遣单位未在用工单位所在地设立分支机构的，以用工单位为扣缴义务人。
建筑安装业的特殊性：
总承包企业和分承包企业通过劳务派遣公司聘用劳务人员跨省异地工作期间的工资、薪金所得个人所得税，由劳务派遣依法代扣代缴并向职工作业所在地税务机关中报税缴纳。
2、“劳务派遣”涉及的企业所得税政策
政策条例：关于企业工资薪金和职工福利费等支出税前扣除问题的公告，国家税务总局公告2015年第34号。
用工单位：企业接收外部劳务派遣用功所实际发生的费用，应分两种情况按规定在税前扣除：
按照协议(公司)约定直接支付给劳务派遣公司的费用，作为劳务费支出;
直接支付给员工个人的费用，应作为工资薪金的支出和取得福利费支出，其中属于工资薪金支出的费用，准予计入企业工资薪金总额的基数，作为计算其他各项费用扣除的依据。
3、开票的问题
差额开票
通过新系统中差额征税开票功能，录入含税销售额（或含税评估额）和扣除额，系统自动计算税额和不含税金额；备注栏自动打印“差额征税”字样；
一张普票+一张专票
普票为向用功单位收取用于支付给劳务派遣员工工资、福利和为其办理社会保险及住房公积金的费用；
专票管理费的收入（如果小规模也可以开管理费专票，向税务局代开）
开票内容：“人力资源服务”劳务派遣服务；“人力资源服务”工资及社保费。
一般管理费和支付工资的内容，不要在一张票种开具，最好分开。
4、税收风险
用工单位将应作为劳务费支出或者职工福利费支出的部分计入工资薪金支出（正确的科目管理费用-劳务费），如果是工业企业入主营业务成本-劳务费也是可以得，根据不同企业特点来吧；
派遣公司仅将从用工单位取得的全部价款减去代收被派遣劳动者工资、社保及住房公积金后的余额确认收入，但又将支付给被派遣劳动者的劳动报酬税前扣除，造成该部分成本费用重复税前扣除。
工资薪金支付方未履行代扣代缴义务；
扣缴义务人适用错误的税目，扣缴费用以及税率，代扣代缴错误的税额。
由于劳务派遣的性质出现，这方面很少有，劳动者本身的风险，基本都是用工单位和劳动派遣公司会出现一些税收风险。
5、“劳务派遣”涉及的增值税政策
财税[2016]47号：一般纳税人和小规模纳税人提供劳务派遣服务，以取得的全部价款和价外费用为销售额，分别按一般计税方法和3%的征收率计算缴纳增值税。
两者可以选择差额纳税，以取得的全部价款和价外费用，扣除代用工单位支付给劳务派遣员工的工资、福利和为其办理社会保险以及住房公积金后的余额为销售额，按照简易计税方法依5%的征收率计算缴纳增值税。
【案例1】
甲公司是用工单位，2018年8月份向乙劳务派遣公司支付100万元，其中80万元为甲公司支付给劳务派遣员工的工资、福利和社会保险及住房公积金。
选择一般计税方法6%：
乙劳务派遣公司应缴纳税额=1000000/(1+6%)*6%=56603.77元
小规模3%：
乙劳务派遣公司应缴纳税额=1000000/(1+3%)*3%=29126.21元
选择差额计税方法：
乙劳务派遣公司应缴纳税额=1000000-800000(支付给劳务派遣员工的工资后)=200000
200000/(1+5%)*5%=9523.81元
【补充】 劳务派遣这个行业，属于服务业，它和一般的商品流通行业不一样，进项发票缺乏，进项不能及时的抵扣销项。
实际操作中，很多公司会选择差额计税的方法，因为这种方法可以为公司少交部分税，减轻公司税负担。但差额计税的发放，需注意开发票，报税，以及一些日常工作差异性处理的问题。
部分劳务派遣公司不能较好的区分派遣到每个用工单位的劳动者名单，这样就牵扯到了人员、工资的统计问题;银行回单，明细乱;容易出现工作问题。
