4月25日，上海复旦复华科技股份有限公司发布公告，公司控股子公司上海复旦复华药业有限公司（以下简称“药业公司”）于2020年4月23日收到国家税务总局上海市税务局第一稽查局出具的沪税稽一处[2020]147号《税务处理决定书》。对此，笔者梳理相关信息后，就案件发展情况概述如下：
2016年9月9日，药业公司收到上海市国家税务局第一稽查局发出的沪国税一稽罚告[2016]10005 号《税务行政处罚事项告知书》和上海市地方税务局第一稽查局发出的沪地税一稽罚告[2016]10021 号《税务行政处罚事项告知书》。
沪国税一稽罚告[2016]10005号《税务行政处罚事项告知书》认为，药业公司于2012年7月至2014年11月期间，收受国生基地虚开的增值税专用发票1408份，货物品名为日本产谷胱甘肽原料，数量45500公斤，金额814478633.04元，税额138461366.96元。于2012-2015年期间，收受上海奇泓企业管理咨询事务所等7家公司虚开的增值税发票共计468份，金额37052336.12元，税额2223141.03元，根据相关法律，拟处药业公司应补缴的增值税、城市维护建设税税款1倍的罚款共计147718733.39元，其中增值税罚款140684507.99元，城市维护建设税罚款7034225.40元。
沪地税一稽罚告[2016]10021号《税务行政处罚事项告知书》认为，药业公司于2012年7月至2014年11月期间，收受国生基地虚开的增值税专用发票1408份，货物品名为日本产谷胱甘肽原料，数量45500公斤，金额814478633.04元，税额138461366.96元。于2012-2015年期间，收受上海奇泓企业管理咨询事务所等7家公司虚开的增值税发票共计468份，金额37052336.12元，税额2223141.03元。于2009年-2012年期间，收受上海奇泓企业管理咨询事务所等10家公司虚开的普通发票共计505份，金额68536205.39元，根据相关法律，拟对公司应补缴的企业所得税处1倍的罚款，共计118772115.13元。两项罚款合计2.66亿元。
2016年9月28日，药业公司相关人员参加上海市国家税务局第一稽查局和上海市地方税务局第一稽查局举行的非公开的听证，并就税务行政处罚事项进行了如实陈述和申辩。
沪税稽一处[2020]147号《税务处理决定书》认为，药业公司2012-2015年期间接收不合规增值税专用发票抵扣进项税额，依据相关法律之规定，追缴增值税2223141.03 元。追缴城市维护建设税 111157.05 元及各类附加133388.46元。
药业公司2009-2015年期间接收不合规增值税专用发票和普通发票在企业所得税税前列支，依据相关法律之规定，追缴企业所得税15801599.40元。
公司于 2016年11月7日自行补缴了增值税、城建税、企业所得税等税费共计18269285.94元。
根据《中华人民共和国税收征收管理法》的规定，对追缴增值税、城建税、企业所得税加收滞纳金。
所谓不合规发票是指企业取得的私自印制、伪造、变造、作废、开票方非法取得、虚开、填写不规范等不符合规定的发票。《中华人民共和国发票管理办法》第二十一条规定，不符合规定的发票，不得作为财务报销凭证，任何单位和个人有权拒收。常见的不合规发票及相关票据主要有以下情形：
1、未填开付款方全称的发票
2、变更品名的发票
3、发票专用章不合规发票
4、票面信息不全或者不清晰发票
5、应当备注而未备注的
6、自行打印专票销货清单的
7、虚开发票
……
对于不合规发票问题，不应以表象掩盖实质，应进一步查清情况，根据问题的实质作出定性和处理。
虚开发票是一种常见的发票违法行为，《中华人民共和国发票管理办法》第二十二条规定，开具发票应当按照规定的时限、顺序、栏目，全部联次一次性如实开具，并加盖发票专用章。任何单位和个人不得有下列虚开发票行为：
（一）为他人、为自己开具与实际经营业务情况不符的发票；
（二）让他人为自己开具与实际经营业务情况不符的发票；
（三）介绍他人开具与实际经营业务情况不符的发票。
《企业所得税法》及其实施条例规定，企业实际发生的与取得收入有关的、合理的支出，包括成本、费用、税金、损失和其他支出，准予在计算应纳税所得额时扣除。有关的支出，是指与取得收入直接相关的支出。合理的支出，是指符合生产经营活动常规，应当计入当期损益或者有关资产成本的必要和正常的支出。据此可知，企业所得税法规定的税前扣除更加强调实际发生原则和合理性原则。
依据《税收征收管理法》、《发票管理办法》等规定，税务机关通常认为合法有效的发票是企业所得税税前扣除的唯一凭证，而虚开的增值税专用发票属于不符合规定的发票，因而不允许进行税前扣除。对于发票是否是税前扣除唯一凭证的问题，也一直是造成税企矛盾的重要原因之一，而2018年7月1日正式施行的《企业所得税税前扣除凭证管理办法》（国家税务总局公告2018年第28号）第二条“本办法所称税前扣除凭证，是指企业在计算企业所得税应纳税所得额时，证明与取得收入有关的、合理的支出实际发生，并据以税前扣除的各类凭证”，明确指出了税前扣除凭证并非仅指发票。因此，若购货方能够提供相关材料证明其支出的真实性及合理性，税务机关不能仅凭发票不合规而否定其企业所得税税前扣除的合法性。
《企业所得税税前扣除凭证管理办法》（国家税务总局公告2018年第28号）第十三条规定，企业应当取得而未取得发票、其他外部凭证或者取得不合规发票、不合规其他外部凭证的，若支出真实且已实际发生，应当在当年度汇算清缴期结束前，要求对方补开、换开发票、其他外部凭证。补开、换开后的发票、其他外部凭证符合规定的，可以作为税前扣除凭证。
对于开票方走逃、失联等原因无法补开、换开的，第十四条规定，企业在补开、换开发票、其他外部凭证过程中，因对方注销、撤销、依法被吊销营业执照、被税务机关认定为非正常户等特殊原因无法补开、换开发票、其他外部凭证的，可凭以下资料证实支出真实性后，其支出允许税前扣除：
（一）无法补开、换开发票、其他外部凭证原因的证明资料（包括工商注销、机构撤销、列入非正常经营户、破产公告等证明资料）；
（二）相关业务活动的合同或者协议；
（三）采用非现金方式支付的付款凭证；
（四）货物运输的证明资料；
（五）货物入库、出库内部凭证；
（六）企业会计核算记录以及其他资料。
前款第一项至第三项为必备资料。
据此，对于实践中开票方被司法机关查处无法为受票方补开、换开发票的情形，受票方可根据上述规定，准备好相关证明材料，对其真实发生的合理支出进行税前扣除。
本文案例中，自2016年9月9日，主管税务机关向药业公司发出税务行政处罚事项告知书起，至药业公司2020年4月23日收到税务处理决定书，期间超过3年半的时间。而查出的税收违法行为系2012年7月至2014年11月，则药业公司需补缴的滞纳金应从何时起算将对药业公司产生重大影响。
《税收征收管理法》第三十二条规定，纳税人未按照规定期限缴纳税款的，扣缴义务人未按照规定期限解缴税款的，税务机关除责令限期缴纳外，从滞纳税款之日起，按日加收滞纳税款万分之五的滞纳金。
税务机关对税务检查中发现的纳税人以前纳税期内应缴未缴税款如何加收滞纳金，重点是要明确加收滞纳金的起止期限。计算起始时间是按照有关税种的实体法规定，纳税人应纳税款期限届满的次日，这一起始时间并不因税务检查的进行而发生改变，纳税人超过这一期限没有纳税，就发生了税款滞纳行为；计算截止时间在实践中出现了不同的情形，多数情况下是纳税人实际缴纳税款的当日，而在部分案件中由于税务机关检查期限过长，也出现了滞纳金计算截止至税务检查通知书送达之日。
此外，针对税款滞纳金能否超过本金的问题，理论和实践中众说纷纭。目前，税务系统暂无相关文件明确规定，税收滞纳金能否超过本金。但是税务征管实践及司法判决中已经出现了不得超过本金的案例。针对此问题，华税已撰写多篇文章详细分析税款滞纳金不应超过本金，在此不一一赘述。就本案而言，在滞纳金征收问题上，药业公司应与主管税务机关积极沟通，避免承担较重的成本负担。
结合实际情况，税法规定了具体的不应加收滞纳金的情形：
（一）因税务机关责任少缴税款不加收滞纳金。
《税收征收管理法》第五十二条规定，因税务机关的责任，致使纳税人、扣缴义务人未缴或者少缴税款的，税务机关在三年内可以要求纳税人、扣缴义务人补缴税款，但是不得加收滞纳金。
（二）经批准延期缴纳税款不加收滞纳金。
《税收征管法实施细则》第四十二条规定了纳税人如果延期缴纳申请不予批准要加收滞纳金。换句话说，对批准延期缴纳的税款，在延期缴纳的期限内不加收滞纳金。
（三）善意取得虚开增值税专用发票已抵扣税款不加收滞纳金。
《国家税务总局关于纳税人善意取得虚开增值税专用发票已抵扣税款加收滞纳金问题的批复》（国税函〔2007〕1240号）明确，纳税人善意取得虚开的增值税专用发票被依法追缴已抵扣税款的，不属于税收征收管理法第三十二条“纳税人未按照规定期限缴纳税款”的情形，不适用该条“税务机关除责令限期缴纳外，从滞纳税款之日起，按日加收滞纳税款万分之五的滞纳金”的规定。
企业取得不合规发票后将对其各个税种的税务处理带来许多问题，因而在取得发票的过程中应严格审查，尽量避免这种问题的发生。对此，企业首先应核实交易的真实性，在取得发票时审查合同等业务材料的真实性、有效性，其次，应当仔细检查发票填写、开具是否正确。在发票出现问题时，及时、专业的与行政机关沟通，在合法合理的范围内，保障自己的权益。
以上就是给大家介绍的取得不合规的发票该如何处理的问题，相信对企业有了很大的帮助，在互联网时代，企业需要的是更透明、更高效、更有保障的服务，善世（广东）企业服务外包有限公司致力于为企业提供以人力资源服务为核心，兼具互联网创新的外包服务。
信息 | 文本内容来源：劳动法库，著作权归属原作者。如有疑问，请询问后台。
